爱德华和阿尔冯斯兄弟二人，为了找回失去的一切，在旅途中寻找贤者之石，揭示世界的真相。
阴沉的中二少年市川京太郎，渐渐被班级的中心人物山田杏奈吸引，两人笨拙地拉近距离。
自卑的胖少年春雪，借助软件“Brain Burst”在加速世界中，展开超高速的战斗。